Năm 528, vua Pháp Hưng dựng lên một ngôi đền cầu nguyện nhỏ cho vợ ông vào thời điểm này, nhưng sau đó rơi vào quên lãng và rơi vào hư hỏng. Ngôi đền hiện tại đã được Thủ tướng Kim Daeseong bắt đầu dưới thời vua Cảnh Đức và hoàn thành năm 774. Vào thời điểm đó, ngôi đền được đặt tên là Phật Quốc Tự.

Chùa đã được cải tạo nhiều lần trong triều đại Cao Ly và đầu triều đại Nhà Triều Tiên. Tuy nhiên, trong Chiến tranh Nhật Bản-Triều Tiên (1592-1598), các tòa nhà bằng gỗ bị đốt cháy hoàn toàn. Năm 1604 đã bắt đầu xây dựng lại và mở rộng khu phức hợp đền thờ và trong những năm sau đó đã được cải tạo hơn nữa, nhưng cũng tiêu hủy và cướp bóc nhiều lần.

Sau một cuộc điều tra khảo cổ học toàn diện, Bulguksa cuối cùng dưới quyền Tổng thống Park Chung-hee 1969-1973 được tái lập và nhận được diện mạo hiện tại. Các công trình bằng đá nổi tiếng được bảo tồn và vẫn còn trong thời kỳ Tân La.

Năm 1995, khu phức hợp ngôi đền cùng với Hang động Seokguram dốc 2 km dưới danh hiệu "Hang động Seokguram và Đền Bulguksa" đã được bổ sung vào Danh sách Di sản Thế giới của UNESCO.